Gebelikte idrar yolu enfeksiyonunun tedavisi şarttır ve erken davranmak gerekir. Gebelik döneminde idrar yolu enfeksiyonlarına eğilimin artığı bir dönemdir. Bu enfeksiyonlar basit bir sistit olabileceği gibi, ciddi bir böbrek enfeksiyonu gelişimi de söz konusu olabilmektedir. Gebelikte idrar yolu enfeksiyonu riskini azaltmak için erken dönemde idrar kültürü yapılması oldukça etkilidir. İdrar kültüründe üreme olduğundan üreyen bakteriye uygun antibiyotik tedavisi verildiğinden gebeliğin kalan döneminde sistit ve piyelonefrit ortaya çıkma olasılığı önemli ölçüde azalır. Gebelikte idrar yolu enfeksiyonunun en önemli etkeni fazla miktarda salgılanan progesteron hormonlarının düz kaslara gevşetici etkisidir.

İdrar yollarında idrar akımını sağlayan düz kaslar gevşediğinden idrar akımı yavaşlar ve bakteri geçişini engelleyen kapak mekanizmalarının da işlevleri azalır. Ayrıca gebeliğin ilerlemesiyle büyüyen rahmin idrar yollarına baskı yapması da idrar akımının yavaşlamasına katkıda bulunur. Sonuç olarak vajinada normalde bir problem yaratmadan yaşayan enfeksiyon etkenleri önce uretya yoluyla mesaneye buradan da şartlar elverdiğinde böbreklere doğru yukarı çıkarak böbreklere doğru çıkarak şiddetli enfeksiyonlara neden olurlar. Gebelikte idrar yolu enfeksiyonu riskini azaltmak için alınabilecek ilk önlem bol bol su içmektir. Su hem idrar miktarını artırarak sık idrar çıkmayı sağlayacak hem de böylelikle vücuttaki mikropları temizleyecektir. İdrarı kesinlikle tutmamak gerekir. Eğer idrar isteği varsa ertelenmeden yapılmalıdır. İdrarın tamamen boşalmasından emin olunmalıdır.

Gebelikte idrar yolu enfeksiyonunun mutlaka tedavisi yapılmadığı zaman özellikle böbrek enfeksiyonu durumunda erken doğum gibi ciddi tehlikelerle karşı karşıya kalınabilir. Böbrek iltihaplanmasında ateş yükselir, idrarda kan görülür, titreme ve belde ağrı oluşur. Bu belirtiler oluştuğunda anne adayı acilen takibini yapan doktora görünmelidir. İdrar kültüründe üreme olduğunda üreyen bakteri cinsinin hangi antibiyotiklere hassas olduğunu belirten bir inceleme yapılır. Antibiyogram adı verilen bu inceleme sonucuna göre anne adayı en uygun olan antibiyotikle tedavi edilir. Tedavinin üzerinden 15 gün geçtikten sonra yapılan kontrol idrar kültüründe üreme olmaması durumunda tedavi başarılı olmuştur. Bu durumda anne adayına idrar yolu ile ilgili şikâyetleri olmadığı sürece yeni bir idrar kültürü yapılmasına gerek yoktur.